2027年，第四次非核大戰終戰後一年，在仍有戰爭傷痕的新濱市發生了使用自走地雷的爆破殺傷事件，以及一起疑似在軍火交易中收賄的軍人遭到槍殺的案件。

在雨幕中，公安荒卷大輔為了搜尋軍人的電子腦而掘墳。而用冰冷槍口指著他背後的，則是為了要替被殺的長官洗刷汙名而行動、隸屬於陸軍義體化部隊「501機關」的超巫師級駭客——全身義體化的生化人草薙素子。

但追查這起案件的並非只有草薙。還有懷疑草薙是爆破殺傷事件的犯人而緊咬著她，擁有「不眠之眼」的壯漢巴特。以及追查槍擊案與娼妓命案間共通點的新濱署便衣刑警德古沙。此外，「501機關」的徠津中校跟生化人幹員們也在注意著草薙的一舉一動。

他們所追求的真相，潛藏在「眼前的事實」與「消失的真實」相互交錯的電腦社會混沌中。為了追尋自己的未來與理想，草薙的本能自此覺醒！

 

原作：士郎正宗
總監督．角色設計：黄瀬和哉
系列構成、腳本：冲方丁
音樂：CORNELIUS
監督．分鏡：むらた雅彦
作畫監督．角色設計輔佐：西尾鉄也
機械設計：柳瀬敬之
3DCGI：Orange Co.,Ltd
3DCG監督：井野元英二
美術：Bamboo
美術監督：竹田悠介・益城貴昌
美術設定：加藤浩
道具．美術設定：荒川直樹
動畫檢查：市万田千恵子・菅田朋子
色彩設計：片山由美子・佐藤真由美
色彩指定：竹田由香
上色檢查：下川真里子
攝影監督：田中宏侍
動態影像設計：上村秀勝
特殊效果：村上正博
音響監督：岩浪美和
音響效果：小山恭正
剪輯：植松淳一

片尾曲：salyu×salyu「じぶんがいない」
原聲帶發行：flying DOG
作詞：坂本慎太郎　作曲．編曲：小山田圭吾